8 декабря 1992г. Президентом Российской Федерации подписан Указ №1556 «О федеральном казначействе». Приказом Министерства Финансов Российской Федерации от 23 марта 1993 года № 191 л/с на территории Новосибирской области было образовано Управление Федерального казначейства Министерства финансов Российской Федерации по Новосибирской области, начальником, которого был назначен Шлеев Владимир Федорович. Таким образом, 1993 год для органов Федерального казначейства Новосибирской области стал, прежде всего, стартовым годом, связанным с организацией и становлением системы в целом.
С тех пор прошло 20 лет. Сейчас можно с удовлетворенностью говорить о том, что созданная система не просто заработала, а работает эффективно. Сегодня казначейство играет важную роль в реализации государственной бюджетной политики, обеспечении контроля за поступлением и целевым использованием бюджетных средств, функционирования процесса государственных закупок.
Приказом Министерства финансов Российской Федерации от 04.09.2012 №1289 л/с на должность руководителя Управления Федерального казначейства по Новосибирской области назначен Валерий Геннадьевич Гаврилюк.
На сегодняшней день в структуре Управления действуют 15 отделов и 40 территориальных отделов по городу и области. Год от года стоящие перед казначейством задачи становятся сложнее и масштабнее, но коллектив Управления Федерального казначейства по Новосибирской области с легкостью решает задачи, внедряет новые технологии и методики, уверенно идёт вперед, внося свой вклад в укрепление и развитие финансовой системы региона.